主要应用于食品的干燥与杀菌。食品在深加工过程中，干燥与杀菌的工艺是不可避免的，基本上不用干燥的食品都必须用到杀菌。
食品加工过程中干燥有几种方式，干燥的温度都不一样。需要低温干燥的产品有的需要微波真空干燥机，也有的需要热风循环烘箱。也可以采用隧道式微波干燥机。
食品杀菌设备也是有很多种方式，目前主要使用微波杀菌设备，微波干燥时候的时候可以起到杀菌的效果，但是食品杀菌的时候对食品的干燥起不到主要的作用，因为食品微波杀菌的时候只烘干5-10%的水分，所以食品烘干高水分的时候主要是干燥为目的。
那么微波干燥杀菌机主要就是以干燥为目的的微波设备，也起到了对食品的杀菌作用。微波干燥杀菌机可以适用于大部分需要干燥杀菌的食品。
微波杀菌在某种情况下表现出比常规方法更具杀菌效能，对于产生这种效果的真正原因及对杀菌过程，应有明确的认识，否则，在实际工业化生产过程中、将影响到食品工艺参数（温度、时间）等的确定。因此，搞清微波杀菌的机理对于推广实际应用具有重要的意义。胞膜破裂，从而破环微生物生存、繁殖的条件最终导致死亡。在微波场能的作用下，还可以导致氢键松弛断裂和重新组合。从而激发遗传基因的突变，染色体畸变，进而中断细胞的正常繁殖能力，达到杀灭抑制的目的。
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